Analisis Silang Puncak (Top Cross) dengan Program
R (Top Cross)
A.
TUJUAN
Adapun tujuan praktikum ini adalah untuk mengetahui
cara menganalisis silang puncak (Top Cross) dengan program R (Top Cross).
B.
TINJAUAN
PUSTAKA
Varietas hibrida adalah kultivar yang merupakan keturunan langsung (generasi F1) dari persilangan antara dua atau lebih populasi tanaman yang berbeda latar belakang
genetiknya (disebut populasi pemuliaan atau populasi tangkaran). Syarat
populasi pemuliaan untuk dapat dipakai sebagai tetua dalam varietas hibrida
adalah homogen dalam penampilan (fenotipe) namun tidak perlu homozigot. Varietas hibrida dilihat dari silsilahnya diantaranya adalah silang puncak
atau top cross adalah progeni hibrida yang dihasilkan melalui penyerbukan suatu
galur murni dengan suatu populasi yang menghasilkan pollen yang tercampur
secara genetik (Wikipedia, 2012).
Persilangan pada padi dapat terjadi secara alami maupun buatan.
Persilangan padi secara alami dilakukan dengan bantuan angin sedangkan buatan
dibantu oleh manusia. Persilangan padi secara buatan biasanya menghasilkan padi
yang umur ganjah dan batang pendek anakan produktif banyak dan hasil yang
relatif tinggi. Sedangkan pada padi persilangan sendiri hasil yang didapat
relatif berumur panjang dan tanamannya tinggi, anakan produktif
relatif sedikit serta hasil sedikit (Akbar, 2010).
Cara atau metode untuk menyilangkan padi secara buatan diantaranya
:
1.
Silang
tunggal (single cross) yaitu persilangan
padi yang hanya melibatkan dua
tetua saja.
2.
Silang
puncak (top cross) merupakan
persilangan antara F1 dan tetua lainnya.
3.
Silang
ganda (double cross) merupakan
persilangan antara F1 dan F1 dari persilangan tunggal.
4.
Silang
balik (backcross) merupakan persilangan
F1 dengan salah satu tetuanya (Harahap, 1982).
C.
WAKTU
dan TEMPAT PRAKTIKUM
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Jumat 25 Mei
2012 di Program studi Pemuliaan tanaman
D. BAHAN DAN ALAT
PRAKTIKUM
Bahan dan alat praktikum yang digunakan adalah alat tulis dan
komputer.
E.
CARA
KERJA
1.
Data dibuat dalam Excel sesuai denga susunan.
2.
Kemudian save as di D dengan nama file “hasil” dalam bentuk text (tab
limited)
3.
Panggil R (Program Top Cross)
v
Klik pachages – klik load pachages – klik agricole – Ok
v
Buka menu file – klik change dir – buka data di D – Ok
4.
Akan muncul > ketik hasil <- read.table(“hasil.txt”, (enter); akan
muncul + lanjutkan ketik header=T,sep=”\t”) (enter), akan muncul > lanjutkan
ketik data (hasil) (enter)
Muncul : warning message :
In data (hasil) : data set ‘hasil’not found
Ø
Ketik str(hasil) (enter)
Ø
ketik attach(hasil) (enter)
Ø
Ketik output2<-lieXtester (replication, lines, testers, yield)enter
F.
ANALISIS
DATA
G.
Tabel 1. Data jumlah gabah per rumpun
|
Replication
|
Lines
|
Tester
|
Yield
|
Replication
|
Lines
|
Tester
|
Yield
|
|
1
|
1
|
21
|
14.52
|
3
|
17
|
21
|
19,99
|
|
2
|
1
|
21
|
16.2
|
1
|
17
|
22
|
15.65
|
|
3
|
1
|
21
|
15.2
|
2
|
17
|
22
|
18.25
|
|
1
|
1
|
22
|
16.66
|
3
|
17
|
22
|
25.21
|
|
2
|
1
|
22
|
18.25
|
1
|
18
|
21
|
13.33
|
|
3
|
1
|
22
|
17.25
|
2
|
18
|
21
|
9.56
|
|
1
|
2
|
21
|
24.5
|
3
|
18
|
21
|
21.24
|
|
2
|
2
|
21
|
18.25
|
1
|
18
|
22
|
15.63
|
|
3
|
2
|
21
|
15.26
|
2
|
18
|
22
|
21.25
|
|
1
|
2
|
22
|
28.57
|
3
|
18
|
22
|
23.56
|
|
2
|
2
|
22
|
21.25
|
1
|
19
|
21
|
16.24
|
|
3
|
2
|
22
|
22.21
|
2
|
19
|
21
|
17.25
|
|
1
|
3
|
21
|
15.8
|
3
|
19
|
21
|
31.44
|
|
2
|
3
|
21
|
16.2
|
1
|
19
|
22
|
18.25
|
|
3
|
3
|
21
|
16.8
|
2
|
19
|
22
|
18.25
|
|
1
|
3
|
22
|
17.58
|
3
|
19
|
22
|
25.25
|
|
2
|
3
|
22
|
18.42
|
1
|
20
|
21
|
10.22
|
|
3
|
3
|
22
|
28.36
|
2
|
20
|
21
|
14.25
|
|
1
|
4
|
21
|
20.2
|
3
|
20
|
21
|
24.11
|
|
2
|
4
|
21
|
21.2
|
1
|
20
|
22
|
14.25
|
|
3
|
4
|
21
|
27.14
|
2
|
20
|
22
|
15.24
|
|
1
|
4
|
22
|
24.15
|
3
|
20
|
22
|
21.59
|
|
2
|
4
|
22
|
23.56
|
1
|
1
|
|
13.918
|
|
3
|
4
|
22
|
30.14
|
2
|
1
|
|
15.69
|
|
1
|
5
|
21
|
21.25
|
3
|
1
|
|
14.68
|
|
2
|
5
|
21
|
21.45
|
1
|
2
|
|
22.818
|
|
3
|
5
|
21
|
17.49
|
2
|
2
|
|
15.18
|
|
1
|
5
|
22
|
24.35
|
3
|
2
|
|
11.68
|
|
2
|
5
|
22
|
23.25
|
1
|
3
|
|
13.838
|
|
3
|
5
|
22
|
18.24
|
2
|
3
|
|
15.91
|
|
1
|
6
|
21
|
18.25
|
3
|
3
|
|
15.84
|
|
2
|
6
|
21
|
19.25
|
1
|
4
|
|
18.938
|
|
3
|
6
|
21
|
14.25
|
2
|
4
|
|
18.07
|
|
1
|
6
|
22
|
22.25
|
3
|
4
|
|
24.96
|
|
2
|
6
|
22
|
22.54
|
1
|
5
|
|
19.85
|
|
3
|
6
|
22
|
18.24
|
2
|
5
|
|
19.47
|
|
1
|
7
|
21
|
12.5
|
3
|
5
|
|
14.97
|
|
2
|
7
|
21
|
18.25
|
1
|
6
|
|
16.51
|
|
3
|
7
|
21
|
19.25
|
2
|
6
|
|
15.2
|
|
1
|
7
|
22
|
14.21
|
3
|
6
|
|
12.68
|
|
2
|
7
|
22
|
21.56
|
1
|
7
|
|
10.442
|
|
3
|
7
|
22
|
22.24
|
2
|
7
|
|
17.43
|
|
1
|
8
|
21
|
18.25
|
3
|
7
|
|
17.17
|
|
2
|
8
|
21
|
38.25
|
1
|
8
|
|
16.072
|
|
3
|
8
|
21
|
26.37
|
2
|
8
|
|
41.4
|
|
1
|
8
|
22
|
21.69
|
3
|
8
|
|
20.27
|
|
2
|
8
|
22
|
40.12
|
1
|
9
|
|
12.498
|
|
3
|
8
|
22
|
24.68
|
2
|
9
|
|
18.66
|
|
1
|
9
|
21
|
15.5
|
3
|
9
|
|
14.3
|
|
2
|
9
|
21
|
21.75
|
1
|
10
|
|
15.376
|
|
3
|
9
|
21
|
17.24
|
2
|
10
|
|
23.14
|
|
1
|
9
|
22
|
17.25
|
3
|
10
|
|
17.06
|
|
2
|
9
|
22
|
23.54
|
1
|
11
|
|
14.434
|
|
3
|
9
|
22
|
22.15
|
2
|
11
|
|
26.48
|
|
1
|
10
|
21
|
17.21
|
3
|
11
|
|
21.48
|
|
2
|
10
|
21
|
27.21
|
1
|
12
|
|
13.438
|
|
3
|
10
|
21
|
15.24
|
2
|
12
|
|
28.71
|
|
1
|
10
|
22
|
19.25
|
3
|
12
|
|
17
|
|
2
|
10
|
22
|
29.24
|
1
|
13
|
|
15.116
|
|
3
|
10
|
22
|
18.77
|
2
|
13
|
|
21.38
|
|
1
|
11
|
21
|
12.2
|
3
|
13
|
|
13.95
|
|
2
|
11
|
21
|
21.25
|
1
|
14
|
|
13.144
|
|
3
|
11
|
21
|
18,24
|
2
|
14
|
|
11,84
|
|
1
|
11
|
22
|
15.65
|
3
|
14
|
|
13.29
|
|
2
|
11
|
22
|
23.89
|
1
|
15
|
|
11.348
|
|
3
|
11
|
22
|
22.24
|
2
|
15
|
|
14.13
|
|
1
|
12
|
21
|
10.2
|
3
|
15
|
|
19.47
|
|
2
|
12
|
21
|
25.26
|
1
|
16
|
|
10.956
|
|
3
|
12
|
21
|
16.24
|
2
|
16
|
|
13.22
|
|
1
|
12
|
22
|
14.25
|
3
|
16
|
|
13.65
|
|
2
|
12
|
22
|
24.24
|
1
|
17
|
|
10.95
|
|
3
|
12
|
22
|
18.21
|
2
|
17
|
|
15.69
|
|
1
|
13
|
21
|
18.25
|
3
|
17
|
|
18.66
|
|
2
|
13
|
21
|
25.2
|
1
|
18
|
|
11.496
|
|
3
|
13
|
21
|
17.25
|
2
|
18
|
|
18.74
|
|
1
|
13
|
22
|
23.25
|
3
|
18
|
|
26.1
|
|
2
|
13
|
22
|
28.44
|
1
|
19
|
|
15.72
|
|
3
|
13
|
22
|
21.56
|
2
|
19
|
|
15.63
|
|
1
|
14
|
21
|
15.24
|
3
|
19
|
|
29.67
|
|
2
|
14
|
21
|
14.25
|
1
|
20
|
|
9.65
|
|
3
|
14
|
21
|
17.21
|
2
|
20
|
|
13.9
|
|
1
|
14
|
22
|
17.56
|
3
|
20
|
|
22.13
|
|
2
|
14
|
22
|
18.25
|
1
|
21
|
|
10.704
|
|
3
|
14
|
22
|
19.65
|
2
|
21
|
|
18.51
|
|
1
|
15
|
21
|
15.24
|
3
|
21
|
|
13.07
|
|
2
|
15
|
21
|
16.24
|
1
|
22
|
|
16.02
|
|
3
|
15
|
21
|
24.21
|
2
|
22
|
|
27.43
|
|
1
|
15
|
22
|
19.25
|
3
|
22
|
|
21.45
|
|
2
|
15
|
22
|
18.65
|
||||
|
3
|
15
|
22
|
20.21
|
||||
|
1
|
16
|
21
|
12.21
|
||||
|
2
|
16
|
21
|
15.11
|
||||
|
3
|
16
|
21
|
14.55
|
||||
|
1
|
16
|
22
|
15.25
|
||||
|
2
|
16
|
22
|
18.59
|
||||
|
3
|
16
|
22
|
18.24
|
||||
|
1
|
17
|
21
|
13.56
|
||||
|
2
|
17
|
21
|
16.88
|
||||
'data.frame': 186 obs. of
4 variables:
$ replication: int 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ...
$ lines
: int 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
$ tester
: int 21 21 21 22 22 22 21 21 21
22 ...
$ yield
: num 14.5 16.2 15.2 16.7 18.2
...
>
attach(hasil)
>
output2<-lineXtester(replication,lines,tester,yield)
ANALYSIS
LINE x TESTER: yield
ANOVA
with parents and crosses
==============================
Df Sum Sq
Mean Sq F value Pr(>F)
Replications 2
635.6546 317.82732 15.931 0.0000
Treatments 61 2272.8465 37.25978
1.868 0.0018
Parents 21
691.8666 32.94603 1.651 0.0484
Parents
vs. Crosses 1 259.6942 259.69421 13.017 0.0004
Crosses 39 1321.2857 33.87912
1.698 0.0154
Error 122 2434.0056 19.95087
Total 185 5342.5068
ANOVA
for line X tester analysis
================================
Df Sum Sq
Mean Sq F value Pr(>F)
Lines 19 1025.74020 53.986326
14.298 0.0000
Testers 1
223.80545 223.805453 59.274 0.0000
Lines
X Testers 19 71.74008
3.775794 0.189 0.9999
Error 122 2434.00564 19.950866
ANOVA
for line X tester analysis including parents
==================================================
Df Sum Sq
Mean Sq F value Pr(>F)
Replications 2
635.65465 317.827325 15.931
0.0000
Treatments 61 2272.84653 37.259779
1.868 0.0018
Parents 21 691.86659
32.946028 1.651 0.0484
Parents
vs. Crosses 1 259.69421 259.694214 13.017 0.0004
Crosses 39 1321.28573 33.879121
1.698 0.0154
Lines 19 1025.74020 53.986326
14.298 0.0000
Testers 1 223.80545 223.805453 59.274 0.0000
Lines
X Testers 19 71.74008
3.775794 0.189 0.9999
Error 122 2434.00564 19.950866
Total 185 5342.50681
GCA
Effects:
===========
Lines
Effects:
1
2 3 4
5 6 7
8 9 10
11
-3.283
2.043 -0.770 4.768
1.375 -0.500 -1.628 8.597
-0.058 1.523 -0.718
12
13 14 15
16 17 18
19 20
-1.563 2.695 -2.603 -0.663 -3.972 -1.506 -2.201 1.483 -3.020
Testers
Effects:
21
22
-1.366 1.366
SCA
Effects:
===========
Testers
Lines 21
22
1
0.326 -0.326
2
-0.971 0.971
3
-1.228 1.228
4
-0.186 0.186
5
0.424 -0.424
6
-0.514 0.514
7
0.031 -0.031
8
0.762 -0.762
9
-0.043 0.043
10
0.099 -0.099
11 -0.316
0.316
12
0.532 -0.532
13 -0.726
0.726
14 -0.094
0.094
15
0.962 -0.962
16 -0.336
0.336
17 -0.214
0.214
18 -1.353
1.353
19
1.896 -1.896
20
0.949 -0.949
Standard
Errors for Combining Ability Effects:
=============================================
S.E.
(gca for line) : 1.823498
S.E.
(gca for tester) : 0.5766406
S.E.
(sca effect) : 2.578815
S.E.
(gi - gj)line : 2.578815
S.E.
(gi - gj)tester : 0.815493
S.E.
(sij - skl)tester: 3.646996
Genetic
Components:
==================
Cov
H.S. (line) : 8.368422
Cov
H.S. (tester) : 3.667161
Cov
H.S. (average): 0.3373649
Cov
F.S. (average): 24.63500
F
= 0, Aditive genetic variance : 5.397838
F
= 1, Aditive genetic variance : 1.349460
F
= 0, Variance due to Dominance: -21.56676
F
= 1, Variance due to Dominance: -5.391691
Proportional
contribution of lines, testers
and their interactions to total variance
===========================================
Contributions
of lines : 77.63197
Contributions
of testers: 16.93846
Contributions
of lxt : 5.429566
>
H.
PEMBAHASAN
DAN KESIMPULAN
1.
Pembahasan
Analisis silang puncak yang
dilakukan dalam praktikum ini adalah analisis menggunakan program R (Top
Cross). Dengan menganalisis persilangan antara suatu galur dengan penguji maka dapat diperoleh informasi tentang gen
dan dengan saat yang bersamaan dapat diketahui daya gabung galur-varietas dalam
kombinasinya (Singh and Chaudhary, 1997). Dapat dikatakan uji silang pucak yang
dilakukan dalam praktikum ini digunakan untuk menduga daya gabung yaitu daya
gabung umum dan daya gabung khusus.
Hasil analisis ragam persilangan
dengan penguji, keseluruhan memberikan hasil yang berbeda nyata, dimana nilai
probabiliti < 0.05 baik itu ulangan, perlakuan, tetua, tetua dengan penguji
dan penguji. Begitu juga dengan hasil
analisis ragam antara lines dengan testers serta hasil including parents lines
dan testers memberikan hasil yang berbeda nyata kecuali pada hasil lines dengan
testers tidak memberikan hasil yang berbeda nyata (P< 0.05).
Dari hasil analisis data dapat
dilihat nilai rata-rata daya gabung umum. Nilai rata-rata daya gabung umum yang
paling tinggi ditunjukkan oleh lines 8 dengan nilai 8.590 dan nilai rata-rata
yang paling rendah ditunjukkan oleh lines 16 yaitu -3.978. nilai rata-rata tertinggi untuk daya gabung
khusus untuk tester 21 dan 22 adalah 0.789 pada lines 15 dan 1.145 pada lines 2
Suatu bahan pemuliaan dikategorikan
mempunyai daya gabung umum yang baik
jika hasil perkawinannya dengan sejumlah bahan pemuliaan lain memberikan nilai rata-rata yang lebih
besar dibandingkan nilai rata-rata keseluruhan perkawinan yang dilakukan dan
suatu bahan pemuliaan dikatakan mempunyai daya gabung khusus yang baik jika
dlam suatu pasangan perkawinan tertentu memberikan nilai penampakan atau hasil
yang jauh lebih baik dari pada rata-rata
tetua atau seluruh perkawinan (Muliarta, 2012).
Hal ini membuktikan bahwa nilai
rata-rata tertinggi untuk daya gabung umum dikategorikan mempunyai daya gabung
umum yang baik sedangkan nilai rata-rata terendah dikategorikan mempunyai daya
gabung umum yang tidak baik, begitu juga dengan nilai daya gabung khusus,
dengan rata-rata tertinggi dikategorikan daya gabung khusus baik yang dapat memperlihatkan
keselekitfannya jika disilangkan dengan bahan pemuliaan lain.
2.
Kesimpulan
Kesimpulan yang diperoleh dari
hasil praktikum ini adalah \
1. Diperoleh cara menganalisis uji silang puncak
dengan menggunakan program R (Top Cross).
2. Silang puncak (top cross) merupakan
hasil persilangan antara F1 dan tetua lainnya.
3. Hasil analisis ragam
persilangan dengan penguji, keseluruhan memberikan hasil yang berbeda nyata
4.
Hasil analisis ragam antara lines dengan testers serta hasil including
parents lines dan testers memberikan hasil yang berbeda nyata kecuali pada
hasil lines dengan testers tidak memberikan hasil yang berbeda nyata.
5. Nilai rata-rata daya gabung
umum yang paling tinggi ditunjukkan oleh lines 8 dengan nilai 8.590 dan nilai
rata-rata yang paling rendah ditunjukkan oleh lines 16 yaitu -3.978.
6. Nilai rata-rata tertinggi untuk
daya gabung khusus untuk tester 21 dan 22 adalah 0.789 pada lines 15 dan 1.145
pada lines 2
7. Nilai rata-rata tertinggi untuk
daya gabung umum dikategorikan mempunyai daya gabung umum yang baik sedangkan
nilai rata-rata terendah dikategorikan mempunyai daya gabung umum yang tidak
baik,
8.
Nilai daya gabung khusus dengan rata-rata tertinggi dikategorikan daya
gabung khusus baik.
DAFTAR PUSTAKA
Akbar, Joni. 2010. Penyerbukan dan
Faktor-faktor yang mempengaruhinya. http : //joni – akbar .blogspot .com/. Diakses pada tanggal 25 Juni 2012 pukul 07.00 WITA:
Mataram.
Harahap,
Z. 1982. Pedoman Pemuliaan Padi. Lembaga Biologi Nasional. Bogor
Wikipedia. 2012. Varietas Hibrida. http://id.wikipedia.org/wiki/Varietas_hibrida.
Diakses pada tanggal 25 Juni 2012 pukul 07.00 WITA: Mataram.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar